代表行政書士の茂木です。(´・ω・｀)
ビザ（在留資格）申請は、もちろん、不許可となることもあります。不許可になると、今後の予定が大幅に狂ってしまったり、家族全員が母国へ帰国を余儀なくされたり、新婚にも関わらず、何年も離れて暮らすことになったりしますので、とても辛く、苦しいことだと思います。私なんて、代行手数料が0円になりますので、不許可（不交付）になると、大赤字になり、廃業まっしぐらです。(´；ω；`)
以下によくある不許可の理由をご紹介致します。自分に当てはまりそうだな、と思ったら、それなりの対策を行ってから申請に臨むようにしましょう。
1 過去の申請と今回の申請内容に齟齬（矛盾）があるので不許可
非常によくある不許可理由です。ビザ全般について当てはまると思います。日本に3、4年・・・と長い間在留していれば、また、短期ビザでの来日でも、その分だけ入管への申請が存在し、入管様に蓄積されるあなたの情報が増えています。過去の申請内容や日本在留状況も審査対象ですので、過去の申請と今回の申請に矛盾があれば、簡単に不許可に流れていきます。この過去の申請との矛盾ですが、様々な状況があります。有名なのは履歴書の齟齬、結婚に至った経緯での矛盾、申請書チェック欄の記載ミスでしょうか。
2 申請内容全般に疑義があり、信ぴょう性がないので不許可
これもビザ全般でよくある不許可理由ですが、この不許可理由は少し気を付けるべきだと思います。不許可理由がこれにあたると、入管様的には「本当に申請内容通りの活動を日本で行うのか怪しい。」という疑義を抱いているという事です。 簡単に言えば、「単純労働だろ？」「偽装結婚だろ？」「偽装留学だろ？」「エセ経営者だろ？」ということです。 正直、この疑義を払しょくするのは並大抵の申請方法では難しいと思います。払拭できない場合もあります。なぜそのような疑義が生じるのかは、ビザの種類、事案によって様々です。また、入管様は「偽装○○だろっ！！ごりゃぁあーーー(-_-メ)ノ」とハッキリ言いません（言えません）ので、分かりにくい不許可理由（入管審査官の真意）でもあります。
3 技能実習終了後、元の職場に戻って技術を還元していないので不許可
これは、過去に技能実習生として日本に滞在していた方に多く見られる不許可理由です。技能実習生として来日し、3年目に突入する最後のビザの更新申請の際に、「技能実習終了後は、母国の元の職場に戻り日本で得た技術を母国に還元する」という誓約をしてビザ更新します。その誓約違反なので、今回申請は不許可、という事です。
4 アルバイト時間超過なので不許可
留学ビザで在留している方は、よくこの理由で更新不許可となることがあります。これは入管もとても厳しいので、アルバイト時間は必ず守るようにすべきです。さらに、これは入管法違反ですので、不許可と同時に逮捕もあり得ます。
5 年金、保険、税金の未払い、滞納、遅延による不許可
永住申請では、原則、不許可となりますので、常日頃から気を付けて生活しなければなりません。
6 偽造書類、嘘の申告による不許可
今も昔もある一定程度存在する不許可理由です。不許可と同時に警察に通報されるかもしれませんので、絶対にやらないようにしましょう。